1、分公司独立核算与汇总纳税的关系
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款的规定，居民企业在境内设立不具有法人资格的分支机构，其经营情况应并入总机构统一计算缴纳企业所得税。因此，即使分公司是独立核算的，其实际税务处理仍需与总公司合并申报，除非符合特定条件允许单独申报。

这个特殊情况：

根据国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）规定，第二十四条“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。

2、分公司是否能单独享受税收优惠
分公司由于不具备独立法人资格，不能单独作为法人享受税收优惠政策，包括小微企业所得税优惠和研发费用加计扣除等。

加计扣除政策通常适用于企业所得税的优惠政策范围，而分公司由于不具备独立法人资格，其税收优惠需由总公司统一申报和享受。进一步说明，分公司可以享受研发费用加计扣除优惠，但前提是需向主管税务机关备案，并由总公司统一汇总计算。

3、实际操作中的限制
实际上，如果分公司未进行汇总纳税备案，则税务机关通常会将其视作独立纳税人处理，分公司无法享受任何税收优惠。例如，指出，若分公司不并入总机构汇总纳税，而是选择独立申报，则只能按照25%的基本税率纳税，并不能享受任何税收优惠。

综合以上分析，在总公司未进行汇总纳税备案的情况下，分公司作为独立核算的单位，其税收优惠政策（包括加计扣除）需由总公司统一申报和享受。分公司本身无法单独享受税收优惠，因此在当前情况下，分公司不能单独享受加计扣除政策。